Desde sua fundação, no começo do século 20, a Santa Casa de Misericórdia de São José do Rio Preto tem o objetivo de atender a todos que precisam. Atendia aos pacientes do Instituto Nacional de Seguridade Social (INSS) e do Fundo de Assistência ao Trabalhador Rural (Funrural), além dos mais necessitados, que não tinham condição de arcar com seu tratamento médico.

Desde que o Sistema Único de Saúde (SUS) foi criado, em 1988, o hospital atende aos cidadãos por esse convênio, firmado com o governo. Atualmente a Santa Casa Rio Preto tem contrato com a Prefeitura de São José do Rio Preto, por meio da Secretaria Municipal de Saúde, sendo referência para todos os moradores do município que precisarem de assistência.

Atualmente, 65% dos 289 leitos são destinados ao SUS, e o restante (35%) para os convênios. O paciente do SUS recebe todo o tratamento prescrito pelo médico, desde que esteja contemplado na tabela SUS e que a Santa Casa tenha convênio para este.